โรงเรียนอนุบาลนราธิวาส ตั้งอยู่ เลขที่ 31 ถนนผดุงอาราม ตำบลบางนาค อำเภอเมืองนราธิวาส จังหวัดนราธิวาส ชึ่งเป็นที่ดินของวัดบางนรา (ที่ธรณีสงฆ์) โอนดที่ดินเลขที่ 2048 บนเนื้อที่ 6 ไร่ 1 งาน 89.7 ตารางวา เปิดสอนครั้งแรก เมื่อวันที่ 11 กรกฎาคม พ.ศ. 2497 อาศัยอาคารเรียนของโรงเรียนสตรีนราธิวาส เป็นอาคารเรียนชั่วคราว มีนางเทียบทอง ชลายนคุปต์ ครูใหญ่ โรงเรียนสตรีนราธิวาส ขณะนั้น ทำหน้าที่ในตำแหน่งครูใหญ่ โรงเรียนอนุบาลนราธิวาสอีกตำแหน่งหนึ่ง ทั้งนี้เนื่องจากโรงเรียนอนุบาลนราธิวาส สังกัดกองการศึกษาพิเศษ กรมสามัญศึกษากระทรวงศึกษาธิการ

ต่อมาได้รับจัดสรรงบประมาณ 250,000 บาท (สองแสนห้าหมื่นบาทถ้วน) ก่อสร้างอาคารแบบวัดปิตุลาธิราชรังสฤษดิ์ 1 หลัง เปิดสอนเมื่อวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2497 ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ปีการศึกษา 2499 – 2502 เปิดขยาย ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 และปีการศึกษา 2522 -2523 เปิดขยายถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6

วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ.2523 โอนไปสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ

วันที่ 7 กรกฎาคม พ.ศ. 2546 สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาชั้นพื้นฐาน